Да, в настройках это есть. Более того он это делает не в текстовые файлы, а в sqlite базу данных, на 7й винде по умолчанию это файл C:\Users\<windows_login>\AppData\Roaming\Skype\<skype_login>\main.db зацепившись к которому клиентом можно выполнять различные запросы, например:
SELECT body_xml FROM Messages WHERE body_xml LIKE '%привет%';
покажет тексты всех сообщений, которые содержат сочетание символов "привет"
no subject
Date: 2013-07-10 01:03 pm (UTC)покажет тексты всех сообщений, которые содержат сочетание символов "привет"